Von der Burgkapelle zur Wallfahrtskirche
Einer alten Wandersage zufolge konnten sich die Bewohner der Gegend um den Blasenstein lange nicht über den Bauplatz für eine neue Kirche einigen. Endlich war eine passende Stelle im Minifeld gefunden (ca. um 1100). Die Zimmerleute hatten schon mit dem Fällen der Bäume begonnen, als sich einer am Fuß verletzte und ein paar Späne mit Blut befleckte. Am nächsten Tag bemerkten die Bauleute Krähen, die mit den blutbefleckten Spänen in nordöstlicher Richtung davonflogen und sie neben den Burgstallfelsen niederlegten. Man sah darin einen Fingerzeig des Himmels und baute das Kirchlein an der neuen Stelle.
Unweit der Obermarthaller-Kapelle, wo laut mündlicher Überlieferung auf der großen ebenen Stein-platte die Kirche erbaut werden sollte, finden sich in einem Waldschopf des Untersteiner-Gutes sieben regelmäßig in den gewachsenen Fels gestemmte Stufen, und man könnte annehmen, dass sich etwa bei dieser „steinernen Stiege“ das erste hölzerne Rodungskirchlein befand, das durch den Stein-bau ersetzt werden sollte.
Der Neubau war dann vermutlich am so genannten Pfarrhofburgstall errichtet worden, wo schon am höchsten Felsplateau vom hochfreien Geschlecht der Machländer die erste Rodungsburg erbaut wurde.
Der Pfarrhofburgstall liegt genau zwischen dem Oberen und dem Unteren Burgstall. Auf seiner schwach abgerundeten länglichen Kuppe finden sich Mauerbettungs-Abstemmungen und Pfostenlö-cher, welche auf eine Kapelle mit den Ausmaßen von ca. 7 x 14 m schließen lassen.In dieser Zeit dürfte auch schon ein Pfarrnetz entstanden sein. Christliche Zentren waren vorher Naarn, Ried in der Riedmark und Saxen.
Vermutlich nach dem Abkommen der beiden Burgen in Blasenstein – nach dem Fundgut zu schließen ungefähr Mitte des 13. Jahrhunderts – wurde das mittlerweile zu kleine Kirchlein von einem Bau etwa im Bereich des heutigen Mittelschiffes der Pfarrkirche ersetzt.
Erste urkundliche Erwähnung
Die ersten urkundlichen Erwähnungen in den Waldhausner Urkunden sprechen bis 1331 von einer Kapelle, erst 1335 wird eine Kirche bzw. eine Pfarre erwähnt. Im Zeitraum zwischen diesen Jahren sollte eine Kirche die Kapelle ersetzt und Pfarrrechte erhalten haben.
(Urkunde Nr. 86. Waldhausen, Landesarchiv Linz; 30.September 1335: Janns der Richter zu Münzbach verkauft dem Pfarrer Konrad von St. Thomas eine Hof-statt, Lehen von Chapell, di zenachst sand Thomans chirichen)
Pfarr- und Kirchengeschichte
Die Kirche von St. Thomas ist die meiste Zeit als Filiale von Münzbach genannt bzw. bildete mit Münzbach eine Doppelpfarre, wobei Münzbach im Allgemeinen die Priorität innehatte. (Münzbach war schon 1122 an Passau und 1147 an Waldhausen gekommen.) 1355 allerdings ist neben einem Pfarrer von Münzbach auch einer von St. Thomas angeführt. Einmal hat der gemeinsame Pfarrer sogar in St. Thomas residiert.
Spätestens mit der Exkorporation Münzbachs (Münzbach gelangte am 18. Juni 1530 an die Prager zu Windhaag, St. Thomas blieb bei Waldhausen) wurde St. Thomas endgültig eine völlig unabhängige Pfarre. Seit der Aufhebung des Klosters Waldhausen 1792 ist St. Thomas Religionsfonds-Pfarre.
Mit der Errichtung der großen Kirche (um 1400) sollte gleichzeitig der so genannte alte Pfarrhof entstanden sein. Der Pfarrhof wurde 1968 abgerissen und 1969/70 durch einen neuen ersetzt. 1977 – 1985 erfolgte eine gründliche Innen- und Außenrestaurierung der Pfarrkirche (das Kircheninnere war 1897 zum letzten Mal renoviert worden). Malarbeiten erfolgten aussen nord- und westseitig dann wieder 1999.